Генетическая структура скота сибирского отродья по микросателлитным локусам

Молекулярно-генетические методы исследования популяций сельскохозяйственных животных являются важным элементом в системе использования и сохранения биологических ресурсов и позволяют более эффективно вести и контролировать селекционный процесс в рамках реального производства. При этом для изучения генетического разнообразия популяции актуально использование STR-маркеров, что связано с высокой вариабельностью повторов. В работе представлена генетическая характеристика по 12 микросателлитным локусам (BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53) популяции крупного рогатого скота голштинской и черно-пестрой пород (n = 10233 гол.) Западной Сибири. В результате проведенного анализа выявлено 145 аллелей, частота встречаемости которых варьировала от 0,00005 до 0,68961. Наибольший уровень генетического разнообразия был установлен по локусу TGLA122 (25 аллелей) при среднем числе эффективных аллелей 4,5. Наименее полиморфным оказался локус BM1824 (7 аллелей) при среднем числе эффективных аллелей 3,27. По всем изученным локусам средний уровень наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности составил 0,6. При этом наибольшая изменчивость выявлена в локусе TGLA53, индекс фиксации Райта по которому равен 0,161. Дефицит гетерозигот выявлен также в BM1818. Для всех остальных локусов прослеживалась положительная тенденция количества гетерозигот с максимальным значением индекса в локусе ETH3 (-0,074). В среднем по всем локусам индекс фиксации составил -0,02, что указывает на достаточное количество гетерозиготных особей в исследуемой популяции. Результаты исследований можно использовать в популяционных исследованиях и в практической селекционной работе.

1. A proposal for standardization in forensic bovine DNA typing: allele nomenclature of 16 cattlespecifc short tandem repeat loci / L.H.P. Van de Goor, H. Panneman, W.A. Van Haeringen // Genetics, selection, evolution : GSE. – 2018. – Vol. 50 (1). – P. 37. – URL: https://doi.org/10.1186/s12711–018–0408–8 (дата обращения: 12.04.2024).

2. Положение о проведении молекулярной генетической экспертизы племенной продукции государств – членов Евразийского экономического союза // Решение коллегии евразийской экономической комиссии от 2 июня 2020 г. № 74 Об утверждении Положения о проведении молекулярной генетической экспертизы племенной продукции государств – членов Евразийского экономического союза. – 2020. – № 74.

3. Peculiarities of analytical characteristics of pectins extracted from sunfower hearts / I.V. Sobol, L.V. Donchenko, L.Y. Rodionova [et al.] // Asian Journal of Pharmaceutics. – 2017. – № 11 (1). – P. 97–100.

4. Selective mechanisms of antiviral efect of triazole derivatives in a transplantable virus-producing cell culture of hamadryas baboon / P.D. Onischuk, M.P. Semenenko, E.V. Kuzminova [et al.] // Research Journal of Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences. – 2016. – № 7 (6). – P. 1778–1782.

5. Достоверность данных первичного зоотехнического учёта в молочном скотоводстве / Е.В. Камалдинов, А.Ф. Петров, К.С. Шатохин [и др.] // Вестник НГАУ (Новосибирский государственный аграрный университет). – 2022. – № 2. – С. 76–83. – DOI: 10.31677/2072-6724-2022-63-2-76-83.

6. A genetic-linkage map for cattle / M.D. Bishop, S.M. Kappes, J. Keele [et al.] // Genetics. – 1994. – № 136 (2). – P. 619–639.

7. A genetic linkage map of the bovine genome / W. Barendse, S.M. Armitage, L.M. Kossarek [et al.] // Nature Genetics. – 1994. – № 6 – P. 227–235.

8. A highly polymorphic bovine microsatellite locus: BM2113 / S.L. Sunden, R.T. Stone, M.D. Bishop [et al.] // Animal Genetics. – 1993. – № 24 (1). – P. 69.

9. Physically mapped, cosmid-derived microsatellite markers as anchor loci on bovine chromosomes / S.S. Toldo, R. Fries, P. Stefen [et al.] // Mammalian Genome. – 1993. – № 4 (12) – P. 720–727. – DOI: 10.1007/BF00357796.

10. Isolation and mapping of polymorphic microsatellites in cattle / P. Stefen, A. Eggen, A.B. Dietz [et al.] // Animal Genetics. – 1993. – № 24 (2) – P. 121–124. – DOI: 10.1111/j.1365-2052.1993.tb00252.x.

11. A set of 99 cattle microsatellites: characterization, synteny mapping, and polymorphism / D. Vaiman, D. Mercier, K. Moazami-Goudarzi [et al.] // Mammalian Genome. – 1994. – № 5 (5) – P. 288–297. – DOI: 10.1007/BF00389543.

12. Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center. (2006) Bovine Whole Genome Assembly release Btau_3.1. – URL: https://www.hgsc.bcm.edu/other-mammals/bovine-genome-project (дата обращения: 10.04.2024).

13. Georges M., Massey J.M. Polymorphic DNA Markers in Bovidae. World Intellectual Property Organization, Geneva (Patent application WO PUBL № 92/13102). – 1992.

14. Меркурьева Е.К. Генетические основы селекции в скотоводстве: учеб. пособие. – М.: Колос, 1977. – 240 с.

15. African pastoralism: genetic imprints of origins and migrations / O. Hanotte [et al.] // Science. – 2002. – Vol. 296, № 5566. – Р. 336–339. – DOI: 10.1126/science.1069878.

16. Genetic diversity analysis of fve cattle breeds native to China using microsatellites / G. Zhou [et al.] // Journal of Genetics. – 2005. – Vol. 84, № 1. – P. 77–80.

17. Genetic diversity and population structure of 20 north European cattle breeds / J. Kantanen [et al.] // Journal of Genetics. – 2000. – Vol. 91, № 6. – P. 446–457.

18. Yu G.X., Wise R.P. An anchored AFLP- and retrotransposon-based map of diploid Avena // Genome. – 2000. – Vol. 43, № 5. – P. 736–749.

19. Guo S.W., Thomson E.A. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles // Biometrics. – 1992. – Vol. 48, № 2. – P. 361–372.

20. Triplex-induced recombination and repair in the pyrimidine motif / J.M. Kalish [et al.] // Nucleic Acids Research. – 2005. – Vol. 33, № 11. – P. 3492–3502.

21. Особенности SSR-полиморфизма лошадей / Н.А. Глинская, Е.И. Приловская, Д.А. Каспирович [и др.] // Вестник Полесского государственного университета. Сер. природоведческих наук. – 2017. – № 1. – С. 8–13. – DOI: 10.31677/2072-6724-2022-63-2-76-83.

22. Николаев С.В., Ялуга В.Л. Сравнительная генетическая характеристика микросателлитного профиля голштинизированных и чистопородных холмогорских быков // Аграрная наука. – 2023. – № 7. – С. 58–62.

23. Генетическое разнообразие популяции аборигенного якутского скота по микросателлитным локусам / Л.Н. Владимиров, В.А. Мачахтырова, Г.Н. Мачахтыров [и др.] // Вестник НГАУ (Новосибирский государственный аграрный университет). – 2024. – № 2. – С. 199–208. – DOI: 10.31677/2072-6724-2024-71-2-199-208.