Проведен анализ тенденций регионального процесса создания и освоения научных разработок. Определены направления регулирования инновационного процесса в сельском хозяйстве Сибири, предусматривающие развитие отношений интеллектуальной собственности региона. Механизм регулирования включает как формирование оптимальной структуры процесса создания научных разработок, соответствующей потребностям агропромышленного производства, так и максимальную практическую реализацию научных достижений отечественных исследователей. В основе принятия управленческих решений должно лежать использование результатов мониторинга состояния инновационного процесса по основным типам инноваций. Использованы методические подходы к классификации инноваций, представленные в разработанном Организацией экономического сотрудничества и развития (ОЭСР) руководстве по сбору и анализу данных по инновациям. Анализ показывает, что одним из перспективных направлений регулирования инновационного процесса в АПК региона может быть создание интегрированных научно-производственно-торговых формирований, охватывающих в своей деятельности несколько этапов научно-инновационного процесса, включая экономический контроль тиражирования инноваций, особенно в сфере селекции и семеноводства.