Рассматриваются динамика и проблемы развития аграрного рынка Казахстана в условиях Таможенного союза. Основными условиями достижения устойчивого развития производства сельскохозяйственной продукции являются: внутренняя поддержка аграрного производства, усиление международной интеграции в сфере АПК, инновационное развитие, развитие информационной инфраструктуры, межгосударственная интеграция, диверсификации рынков сбыта, создание оптимальных транспортных маршрутов. В данный период актуальны проблемы взаимоотношений между государствами в условиях формирования Таможенного союза, создания единого экономического пространства и возможных рисков при вступлении в ВТО. Для каждого государства вхождение в Таможенный союз и единое экономическое пространство предусматривает существенные экономические выгоды, однако возникают и определенные риски в развитии сельского хозяйства, которым особенно подвержен аграрный сектор Казахстана. Предпосылками этому являются природные ограничения по возделыванию сельхозкультур, сырьевая направленность, общая техническая и технологическая отсталость, незначительна интеграция с мировой экономикой, неразвитая производственная и социальная инфраструктура. В статье рассмотрен опыт субсидирования в сельском хозяйстве развитых стран. Даны некоторые рекомендации по совершенствованию субсидирования при вступлении страны ВТО.